EVisa申請の際には会社登録証明書の添付が必要です。
会社登録証明書にはこれまで旧会社登記証明書には（表面と裏面）2ページありましたが
この8月の新会社法により、会社登録証明書の形式が変更し、裏面がなくなりました。
二つファイルを添付しないとエラーが出ますので、同じファイルを二つ添付することで申請できます。

尚、旧登記証明書も未だ対応しているようですが、上記の方法をお勧め致します。